Основной целью Учреждения является материально-техническое обеспечение осуществляемых Росприроднадзором контроля и надзора в установленной сфере деятельности во внутренних морских водах, территориальном море, на континентальном шельфе и в исключительной экономической зоне Российской Федерации, береговой линии в границах территории, примыкающей к морю, морских водоохранных зон, морских портов и земельных участков прибрежных полос, занятых объектами хозяйственной или иной деятельности, являющихся водопользователями или оказывающих влияние на состояние морской среды.

Для достижения уставных целей Учреждение в пределах своих полномочий и в соответствии с законодательством Российской Федерации осуществляет за счет средств федерального бюджета следующие виды деятельности:

• техническое, транспортно-экспедиционное и лабораторное обеспечение осуществления Росприроднадзором и его территориальными органами государственного контроля и надзора в сфере природопользования и охраны окружающей среды в рамках своих полномочий
• химико-аналитическое и информационно-аналитическое обеспечение мероприятий государственного контроля в сфере природопользования и охраны окружающей среды с применением имеющегося лабораторно-аналитического оборудования
• техническое обеспечение осуществляемых Росприроднадзором и его территориальными органами измерений и анализов (включая отбор проб) в области экоаналитического контроля
• участие в подготовке совместно с территориальными органами Росприроднадзора ежегодных докладов о состоянии природных ресурсов, охраны окружающей среды и государственного контроля
• подготовка предложений по разработке инструктивно-методических документов в установленной сфере деятельности.

Учреждение имеет право осуществлять в соответствии с законодательством Российской Федерации предпринимательскую или иную приносящую доход деятельность по договорам на возмездной основе с юридическими и физическими лицами

Подробнее в разделе: Природопользователям